NCBI使用教程——速进!干货满满

NCBI使用教程——速进!干货满满

几乎每个研究生命科学的学者都会需要用到大量的数据,而NCBI包含的各类数据库无疑是科研数据积累的宝藏,这个宝藏等待着所有小伙伴们的挖掘。

很多刚接触生物学研究的小伙伴经常会问:

应该如何使用NCBI查询目的基因序列、

怎样进行引物的设计、

如何使用BLAST进行序列比对?等等

针对这些问题,小编收集整理了一系列教程,为科研工作者提供一份相对专业和简明的资料,以作基础参考之用!

在本次推送的1、2、3篇文章我们会同步解答。

什么是NCBI?

NCBI (National Center for Biotechnology Information),美国国家生物技术信息中心。NCBI开发有Genbank等公共数据库,提供 Pubmed、BLAST、Entres、OMIM、Taxonomy、Structure等工具,可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析,并开发用于分析基因组数据和传播生物医学信息的软件工具。


NCBI首页介绍



如何查找mRNA、cDNA、蛋白序列

以人类GSR基因为例


1、进入NCBI主页:
ncbi.nlm.nih.gov/,在search后面选择Gene,在for后面填写需要查找的基因的名字,查看结果。如图所示:





2、点击红框部分,进入并下拉,可以看到大量信息(只抓取了部分)。如图所示:











3、找到NCBI Reference Sequences (RefSeq),它分为几个板块,第一个mRNA and Protein区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有两个序列代码(中间划有一个箭头),这代表了mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。后如图所示,mRNA序列(部分):





蛋白序列如下:



这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。

相信这些操作对很多小伙伴还是有用的。

好,目的基因查找的内容就介绍到这里。

本次推送内容的第二篇文章:NCBI使用教程2-QPCR引物设计,快去看看吧~




发布于 2021-10-29 11:09