如何正确理解 had done、have done、have been doing 这 3 种时态？
本回答最近一次修改：2019/02/15。
这里的多数回答都没能准确把握「时态」这一概念。提问中的 had done / have done / have been doing 这些结构并不等同于「时态」。换句话说，提问本身就是有问题的。
时（tense）这个概念是指「事件在时间轴上的相对位置」。如果用吃饭来举例，那就是「何时吃饭」（之前吃／现在吃／之后吃／…）。「时」常由动词形态体现，故译为「时态」。如果把广义的「形态」包括进去，那英语我们可以视为三时态语言（do, did, be going to do / will do）。
而「完成」「进行」等概念，则是指「事件在时间轴上分布的方式」，和「时」是无关的。还是用吃饭来举例，那就是「怎么吃饭」（一口气吃完／断断续续吃／吃饱／…）。这些吃饭的方式，和这顿饭是午饭还是晚饭是无关的。语言学中把这些概念统称为体（aspect）。
现代英语中有两种由形态体现的体：
- 完成：表示事件在基准时点之前的一段区间内有效。多用于叙述已发生事件的后续影响。反之，「非完成」就只是单纯叙述事件是否发生，不关注它的影响。
- 进行：表示说话人从内部观察事件。换句话说，就是指说话人身处于事件进展之中。反之，「非进行」就表示说话人把事件视为一个结束的事件，像看一个点一样从外部观察它（因此事件的进展就不重要了）。
「完成」由 <have + -ed> 这一结构体现，不包含这个结构的就是「非完成」；而「进行」由 <be + -ing> 体现，不包含这个结构的就是「非进行」。
那么现在我们就有了三种「时态」，两对「体态」，将它们相互叠加就可以构成 3 × 4 = 12 种不同的组合。这就是英语教学上所谓的「英语的 12 种时态」。英美在英语语法教学上为了从简采用的是把 tense 和 aspect 混淆在一起称为 tense 的方法，而我们的教科书大多沿用了这种方法——不过我对这种教学法的效果存疑。
如此一来问题就简单了。我们需要做的就是，搞清楚短语、句子里使用的是哪一种组合。比如针对 had done，我们可以按照 (1) 是否是进行体、(2) 是否是完成体、(3) 是什么时的顺序分析为：(1) 不包含 be doing → 非进行、(2) 包含 have done → 完成、(3) had → 过去。其中：
- 「非进行」：说话人视这个事件为一个结束的事件；
- 「完成」：说话人意在叙述这个事件的后续影响；
- 「过去」：这个影响是一个发生在过去的过去的事件对过去的影响。
所以从说话人的视角来看，
- had done 表示：以现在为基准，过去的过去发生的、已经结束的某个事件，对过去的影响（下划线指的是同一个时间点）。
- have done 表示：以现在为基准，现在的过去发生的、已经结束的某个事件，对现在的影响。
- have been doing 表示：以现在为基准，现在的过去发生的、尚在进行中的某个事件，对现在的影响。