1992年，刘源调任中国人民武装警察部队水电指挥部第二政委兼副主任，后任政委，由此进入军界。同年晋升武警少将警衔。1998年，刘源任武警总部副政委。2000年晋升武警中将警衔。2002年，任中国人民解放军总后勤部副政委。

　　刘源出任总后勤部副政委期间，适逢中国军队第十次大裁军：在“九五”期间裁减军队员额50万的基础上，2005年前我军再裁减员额20万，主要目的是适应世界新军事变革的发展趋势，推进中国特色的军事变革。

　　刘源亲历了此次裁军，并参与了裁减人数最为集中的总后系统4所院校向地方整体移交的工作。关于这次移交对于军队的意义，刘源形容为“剪掉尾巴，轻装上阵”。刘源说，院校移交以后，军费的使用将更有效率，“原来买CT机的钱，现在可以用来买飞机了”。而人员的转移，又达到了精兵简政的目的。与此同时，对于院校来说，也可以实现从军到民、从计划到市场的转变。这项移交工作顺利完成，受到了中央军委的充分肯定。

　　2005年12月，刘源任中国人民解放军军事科学院政委。2009年晋升为上将军衔。

　　军事科学院作为中国重要的军事思想库，在新的历史条件下，以创新军事理论、发展军事科学、服务军事实践为使命，推出了大批高质量的军事科研成果，培养造就了大批高素质的军事科研人才，形成了特色鲜明、门类齐全、内容完整的军事学科体系，成绩斐然。身为军科政治委员，刘源感到使命光荣，责任重大。他曾带领军事科学院课题组，赴西北战区进行调研，组织上马一批重大研究课题，在战略理论、作战理论、国防和军队建设理论等研究领域实施原创性突破，为推动军队的改革和建设提供了理论支撑和决策咨询。

　　刘源十分重视军事科研人才队伍建设，表示要培养造就一批理想信念坚定、理论功底扎实、综合素质过硬、治学作风严谨的高素质军事科研人才，为繁荣和发展军事科学提供有力的人才和智力支持，努力推动军事科研工作又好又快发展。“要探索遵循军事科学发展的内在规律，按照创新学科框架体系和基础理论，巩固传统学科、发展新兴学科、扶植交叉学科、拓展军事理论研究的路子，从党的军事指导理论、国家安全和军事战略理论、信息化作战理论、国防和军队建设理论、外国军事理论、军事历史理论、军事运筹与作战实验理论等方面推进军事科学体系建设。”

　　有人说，作为一名军人，刘源似乎缺少一点威严。的确，那身缀着上将军衔的制服，依然掩不住他的谦和本色。他总是说，我是一个普普通通的人，也是普通一兵，不论在哪里，我最大的愿望就是为中国老百姓多做点事情——父亲具有崇高的政治品质和高尚的人格魅力，是我学习和继承的典范。

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