扬州大学的研究生教育开始于上世纪60年代初，是国务院批准的首批博士、硕士学位授予权单位。学校现有一级学科博士学位授权点22个，一级学科硕士学位授权点48个。博士专业学位类别2个，硕士专业学位类别27个。

在研究生招生方面，推进研究生招生改革，动态管理招生计划，分类确定博士生录取要求，不断加大复试环节选拔360问答力度。研究生生源质量得到改善，招生人数和培养规模创历史新高。非全日制研究生招生综合排序列全却句定模心吸游均该队国招生单位前列。扬州大学连年被评为“江苏省优秀研究生招生单位”和“江苏省优秀研究生报考点”双优单位。