java证书 查看cacer_R 语言关于 SSL 证书异常处理笔记

一、关于 TCGAbiolinks

TCGAbiolinks 是一个用于 TCGA 数据综合分析的 R/BioConductor 软件包，能够通过 GDC Application Programming Interface (API) 访问 National Cancer Institute (NCI) Genomic Data Commons (GDC)，来搜索、下载和准备相关数据，以便在 R 中进行分析。

二、问题

神奇的是，今天在 R 操作 TCGAbiolinks 却遇到了一个极其棘手的问题：

library(TCGAbiolinks)

query 

data.category = "Transcriptome Profiling",

data.type = "Gene Expression Quantification",

workflow.type = "HTSeq - Counts")

GDC server down, try to use this package later

拿着这个 error 去谷歌，看到的结果都是教你用 devtools 或者 TCGAbiolink 官网提供的方法从 github 重装一遍这个包：

devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

然而这些方法都未能解决我的问题，下面是关于这个问题的一些探索。

三、源码分析

首先，我去 TCGAbiolink 中的源码看这个异常是在哪里导致的，在 R/internal.R 中发现：

> library(jsonlite)

> fromJSON("https://api.gdc.cancer.gov/status",simplifyDataFrame = TRUE)

Error in open.connection(con, "rb") :

SSL certificate problem: unable to get local issuer certificate

后来又看了一下 jsonlite 的 fromJSON 函数，发现它其实是基于 curl 包来实现获取，以及下载相关的数据。

The curl package provides bindings to the libcurl C library for R. The package supports retrieving data in-memory, downloading to disk, or streaming using the R “connection” interface. Some knowledge of curl is recommended to use this package. For a more user-friendly HTTP client, have a look at the httr package which builds on curl with HTTP specific tools and logic.

curl 去访问 https 的站点报错看了一下

curl 和

curl 命令都是支持 ssl 的：