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| 国际合作项目 | ||||
| 序号 | 合作研究项目名称 | 项目类型 | 中方负责人 | 时间年限 |
| 1 | 中美海洋碳循环研究和海水加铁试验技术 | 科技部项目 | 陈立奇 | 2009-2012 |
| 2 | 深海微生物多样性与基因资源调查关键技术 | 科技部项目 | 邵宗泽 | 2010-2013 |
| 3 | 东南亚珊瑚生态系统评价与生物活性物质发现 | 科技部项目 | 陈建明 | 2015-2018 |
| 4 | 极区海洋酸化监测与评估 | 科技部项目 | 张远辉 | 2015-2018 |
| 5 | 典型海域海洋生态环境影响、海洋生态灾害的早期识别研究工作 | 科技部项目 | 顾海峰 | 2016 |
| 6 | 南极海冰覆盖区氧化亚氮及氮循环研究 | 科技部项目 | 詹力扬 | 2017-2019 |
| 7 | 自主海洋环境安全保障技术海上丝绸之路沿线国家适用性研究：西太平洋海洋技术应用推广试验区建设（参与） | 科技部项目 | 潘爱军 | 2017-2020 |
| 8 | 有害甲藻对全球气候变化和极端事件的响应 | 科技部项目 | 罗肇河 | 2020 |
| 9 | 海岸带和沿海地区对海平面变化、极端气候事件的响应及脆弱性研究 | 科技部外国专家项目 | 蔡榕硕 | 2021 |
| 10 | 北部湾海洋的岛屿环境管理合作研究 | 中国-东盟海上合作基金项目 | 张继伟 | 2015-2018 |
| 11 | 中国-东盟濒危海洋物种合作研究：海岸生态环境修复技术合作研究（参与） | 中国-东盟海上合作基金项目 | 郑新庆 | 2016-2018 |
| 12 | 中国东盟海洋合作中心：中国-东盟海洋公园生态服务平台建设（参与） | 中国-东盟海上合作基金项目 | 刘正华 | 2016-2018 |
| 13 | 全球变化背景下南中国海近海生态系统监测与保护管理示范 | 中国-东盟海上合作基金项目 | 顾海峰 | 2018-2020 |
| 14 | 中国-东盟海洋生物廊道建设:中华白海豚种群及栖息地调查与评估（参与） | 中国-东盟海上合作基金项目 | 王先艳 | 2019 |
| 15 | 中国—东盟国家蓝色伙伴关系建设 | 中国-东盟海上合作基金项目 | 汤熙翔 | 2021-2023 |
| 16 | 中国—东盟海洋保护地网络建设 | 中国-东盟海上合作基金项目 | 刘正华 | 2021-2023 |
| 17 | 典型海湾生态保护与管理示范研究 | 中国-东盟海上合作基金项目 | 张继伟 | 2021-2023 |
| 18 | 中印尼海洋与气候中心发展 | 中国-东盟海上合作基金项目 | 杜建国 | 2023-2024 |
| 19 | 中印尼海洋与气候中心及联合观测站建设:印尼比通生态站建设（参与） | 中印尼海上合作基金项目 | 陈彬 | 2014-2017 |
| 20 | 高压环境中（超）嗜热微生物资源挖掘及其特殊生理机制研究 | 国家自然科学基金委项目 | 邵宗泽 | 2014-2016 |
| 21 | 中韩南大洋气候敏感要素气体联合观测 | 国家自然科学基金委项目 | 张麋鸣 | 2019-2021 |
| 22 | 热带流域-河口典型生态系统演化及其对自然变异和人类活动的响应 | 国家自然科学基金委项目 | 王爱军 | 2020-2024 |
| 23 | 水环境中痕量氧化亚氮和甲烷的检测技术合作交流 | 国家自然科学基金委项目 | 叶旺旺 | 2022-2023 |
| 24 | APEC区域处理海洋垃圾问题中国示范区行动 | 亚洲区域专项资金项目 | 翁丹凤 | 2016 |
| 25 | 中东盟海洋酸化观测培训研讨会 | 亚洲区域专项资金项目 | 詹力扬 | 2016 |
| 26 | 中国与南亚国家海洋领域合作研究 | 亚洲区域专项资金项目 | 陈克亮 | 2017 |
| 27 | 中国与东盟国家海洋酸化观测技术示范与推广 | 亚洲区域专项资金项目 | 詹力扬 | 2018 |
| 28 | 核能利用对亚太区域海洋环境影响评估基准研究RAS/7/016 | IAEA/RCA项目 | 林荣澄、余雯 | 2009-2011 |
| 29 | 区域水平核与同位素技术在海洋污染管理中的协同应用RAS/7/019 | IAEA/RCA项目 | 张玉生 | 2009-2011 |
| 30 | 福岛放射性释放对亚太区域海洋潜在影响的基准研究RAS/7/021 | IAEA/RCA项目 | 余雯 | 2011-2015 |
| 31 | 支持可持续海洋生态系统管理中对气候变化评估时的核与同位素技术应用RAS/7/024 | IAEA/RCA项目 | 张玉生 | 2012-2015 |
| 32 | 增强地区海洋放射性监测与评估核设施放射性释放对亚太海洋生态系统潜在影响能力RAS/7/028 | IAEA/RCA项目 | 余雯 | 2017-2023 |
| 33 | 海岸地貌和生态系统在海平面上升和气候变化下的脆弱性评估RAS/7/031 | IAEA/RCA项目 | 门武 | 2019-2022 |
| 34 | 西北太平洋天然及人工放射性核素的行为和作用及其在海洋学研究中的示踪应用K41017-22159 | IAEA CRP项目 | 余雯 | 2017-2023 |
| 35 | APEC蓝色经济示范项目中国示范区战略行动框架 | APEC中国基金项目 | 刘正华 | 2015 |
| 36 | 基于渔业减损的水产加工废弃物高值化利用中国实践与推广 | APEC中国基金项目 | 徐长安 | 2017-2018 |
| 37 | APEC海洋垃圾防治政策对话论坛 | APEC中国基金项目 | 翁丹凤 | 2018 |
| 38 | APEC海洋生态养殖确保粮食安全培训研讨班 | APEC中国基金项目 | 林瑞娟 | 2018 |
| 39 | 基于海藻碳汇交易与渔业增收的低值海藻资源高值化开发利用专题研究 | APEC中国基金项目 | 徐长安 | 2019 |
| 40 | APEC海洋垃圾与微塑料论坛 | APEC中国基金项目 | 翁丹凤 | 2019 |
| 41 | APEC海洋空间规划研究与培训 | APEC中国基金项目 | 林瑞娟 | 2021 |
| 42 | APEC蓝色经济试验区发展途径研究 | APEC中国基金项目 | 杨薇 | 2021 |
| 43 | APEC蓝色市民倡议行动方案研讨与示范 | APEC中国基金项目 | 翁丹凤 | 2021 |
| 44 | 热带典型海洋生态系统中蛋白酶资源在灭活病毒方面的应用研究 | APEC中国基金项目 | 曾润颖 | 2021 |
| 45 | APEC蓝色经济发展与海洋生态价值实现示范研究 | APEC中国基金项目 | 杨薇 | 2022 |
| 46 | 第七届APEC蓝色经济论坛 | APEC中国基金项目 | 杨薇 | 2023 |
| 47 | APEC海洋可持续发展报告 | APEC中国基金项目 | 姜玉环 | 2023 |
| 48 | 印度洋、南大西洋和东太平洋深海沉积物和热液口微生物多样性 | 中法“蔡元培”交流合作项目 | 邵宗泽 | 2013-2015 |
| 49 | 宏基因组学、单细胞基因组学和创新培养方法，能够从深海热液口培养尚未培养的微生物和相关病毒，作为新生物分子/活性物的储库 | 中法“蔡元培”交流合作项目 | 赖其良 | 2015-2017 |
| 50 | 开展为期一年的海洋病毒研究工作，学习并开展病毒与宿主相互作用机理研究、病毒宏基因组学测序与分析等方面研究 | “法国国家科学研究中心-王宽诚教育基金会”博士后交流项目 | 金敏 | 2021 |
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