卫所是明初确定下来的军队编制。十人为一小旗，五小旗为一总旗，二总旗为一百户所，十百户所为一千户所，五千户所为一卫。一般一卫为5600余人。陆军、水军、骑兵编制统一，盖莫能外。
嘉靖年间，随着卫所制的破坏、募兵制的实行和战争的频繁激烈，编制也发生了变化。水兵过去是卫所制，嘉靖时则按船大小和担负任务的不同，实行不同的编制。车兵的编制为新创，与卫所制不同。骑兵和步兵的编制再不是卫所制，而是营哨制。
营哨制是明中后期的陆兵编制，但不统一。但就南方来讲，大体是五人为伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营。每营3000人左右。有的把“总”也称为营，每营五六百人。北方和南方有的称谓不同。如戚继光在蓟镇的陆兵编制为十二人为队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营。每营也是3000人左右。有的则是相同的。如徐光启所练兵的编制为五人为伍，二十五人为队，五队为哨，五哨为部，五部为营。每营3000多人。明代军队后期的编制中大都有营、有哨，可称为营哨制。
新的编制出现后，卫所军中青壮军卒都编在营哨中。卫所依然存在，但已不是战斗组织。
随着军队编制的变化，各级长官的称谓也与过去不同。一般来说，从过去的小旗、总旗、百户、千户、指挥使变成了什长、队长、哨官、把总、参将。
卫所和营哨不同，其所担负的任务也不完全相同。卫所是平时组织，驻守一地，训练部队，组织屯田。营哨则是机动作战部队，东征西戍而不负责屯田。卫所的军官平时虽训练部队，战时则不一定指挥其部队作战；营哨的军官平时训练部队，战时就带领所练部队作战。营哨制比卫所制更有利于军队的平时管理和战时作战。明代中后期多实行一头两翼或一头两翼一尾阵，即以一部为正面主攻，两部为侧翼助攻，余者策应。营哨制更适应这种战术要求。
