新城馆：                                    

一层：服务总台、借书大厅、学术报告厅、图书编目室、自习一室、存包柜、综合书库（1）（存放A、B、C、D、E、F、G、H2类图书）。

二层：书廊（存放A、D、I、K类图书）、报刊阅览室、电子阅览室、西文阅览室、海大文库、工具书室、休闲阅览廊、综合书库（2）（存放H3、I、J、K类图书）。

三层：书廊（存放I、T、O类图书）、休闲阅览廊、自习二室、综合书库（3）（存放N、O、P、Q、R、S、T、U、V、X、Z类图书）。

四层：教学参考书阅览室、海洋文献室、古籍阅览室、舟山新区文献资料研究中心、书廊（存放人文社科类图书）、查收查引查新室、信息共享空间、休闲阅览廊、办公区。

定海馆：    

一层：服务总台、自助服务区、流通书库（1）：存放T、U、V、X、Z类的图书。

二层：自修室（1）、（2）、休读空间、自助服务区、流通书库（2）（存放A、B 、C、D 、E类的图书）。

三层：自修室（3）、现刊室（存放当年期刊、报纸）、地方文献阅览室（存放地方文献）。

四层：学术报告厅、智慧教室。

五层：自修室（4）、流通书库（3）（存放F、G、H类图书）、流通书库（4）（存放I类图书）。

六层：流通书库（5）（存放J、K、N、O、P、Q、R、S类图书）。