第二军医大学隶属中国人民解放军总后勤部,1949年9月创建,初创时称华东军区人民医学院。1950年10月改名为上海军医大学。1951年7月,由中央军委正式命名为第二军医大学。
我校是一所为军队培养临床医学、卫生事业管理学、麻醉学、药学、护理学专门人才及卫生事业管理干部的重点高等医科大学。学校下辖基础医学部、海军医学系、药学院、卫生勤务学系、护理学系、外训系、三所附属医院（长海医院、长征医院、东方肝胆外科医院）和南京军医学院。经过半个世纪的建设，学校办学规模不断扩大，办学层次不断提高。现设有公共基础医学、临床医学、药学、口腔医学、中西医结合、公共卫生与预防医学等学科近150个专业教研室，抗疟药、放医学2个研究室。拥有全军肝胆外科、创伤外科及烧伤、中西药，心胸外科等8个研究所和血液病、临床免疫、急救医学、生殖医学4个专科技术中心，以及神经生理学、分子毒理学、免疫与基因治疗、心脏外科、肝胆肿瘤、生物信号传导6个军队重点实验室和国家卫生部临床药理基地、真菌保藏中心等一批重点学科和重点实验室。现有博士学位授权学科40个，硕士学位授权学科53个和基础医学、临床医学、药学、生物学、公共卫生与预防医学5个博士后流动站。学校于1997年10月进入国家“211工程”重点院校建设行列。
学校教学、医疗、科研力量雄厚。在职高级专业技业职务人员630名，中科院院士2名，国务院学位委员会学科评议组成员3人，博士生导师109名，硕士生导师340名，先后有239名专家教授享受政府特殊津贴，28人在国际学术机构担任理事以上职务，115人次在国家二级以上学术机构组织担任副理事长以上职务，31人担任全军医学专业委员会正、副主任委员，12人被评为国家级有突出贡献中青年专家。著名肝胆外科专家、中科院院士吴孟超教授，1996年被中央军委授予“模范医学专家”荣誉称号。长海、长征两所附属医院于1993年首批被评定为三级甲等医院，东方肝胆外科医院于1996年成立，同年被评为三级甲等专科医院。自1978年以来，学校共获教学、医疗、科研成果奖1358项，其中国家自然科学奖1项、国家发明奖17项、国家科技进步奖28项、军队科技进步一、二等奖221项、专利79项。
学校仪器设备精良，教学手段先进。拥有核磁共振、超高档螺旋CT、单光发射计算机断层扫描仪、直线加速器、透射式电子显微镜、原子吸收分光光度计、流式细胞仪、全自动生化仪等先进仪器设备，总价值达5.7亿元。学校还实行多媒体教学和计算机教学，拥有先进的电教室、语音室、计算机室和同声翻译学术交流厅。
学校学术气氛浓厚、学术交流广泛，分别与33个国家和地区的学术机构建立了学术交流及合作关系。聘请外籍客座教授100余名,邀请国外学者来校讲学、科研合作3800余人次。
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学校位于东海之滨、黄浦江畔的上海市东北部文教区，占地面积1650余亩，建筑面积67.7万余平方米，校园环境优美，拥有现代化的教学楼、图书馆、实验大楼、办公大楼和国内一流的病房大楼。在建校50周年之际，全校师生正以“求实、创新、严谨、献身”校训为鞭策，满怀豪情地奔向21世纪。
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