怀孕早期超声检查发现孕囊不规则，有可能是胚胎停育的临床征象。在怀孕早期如果超声下发现孕囊呈不规则形状，同时伴有下腹部隐痛、阴道少量出血，要及时进行定期监测，可以进行血清人绒毛膜促性腺激素水平检测，了解胚胎生长发育情况。胚胎发育不良或者胚胎停育，常见的原因是染色体异常。如果是胚胎出现染色体异常，会导致自然流产和胚胎停育发生，甚至会出现反复性自然流产。
感染因素也会导致胚胎发育不良，从而引起孕囊不规则，比如疱疹感染，包括弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒等，均可能会由于胚胎生长发育不良，导致孕囊成不规则形状。某些自身免疫性疾病，也会导致反复发生胚胎自然流产和胚胎停育，从而引起孕囊不规则。因此如果出现孕囊不规则要定期监测，以了解胚胎生长发育的情况。如果反复出现胚胎停育和自然流产，要及时进行全面检查，从而查找病因，才能帮助女性以后能正常妊娠。