伴随着政治的危机和变迁埃里希·昂纳克于1989年10月18日正式辞职(官方的说法:由于健康的原因)。1989年10月17日埃里希·昂纳克召集了所有政治局委员,包括反对他的Günter Mittag和Erich Mielke)召开政治局会议,在这次会议上Mielke宣称,埃里希·昂纳克必须对大部分民主德国的弊端的形成负责,Mielke甚至威胁说;“如果埃里希·昂纳克不辞职,他将给出让埃里希·昂纳克名声扫地的消息。”在这种情况下,埃里希·昂纳克不得不做出辞职的决定。1989年12月3日埃里希·昂纳克被德国统一社会党开除。1992年他加入了新组建的德国共产党。1989年11月民主德国最高法或运戚院展开了针对埃里希·昂纳克滥用职权和叛国罪的调查,他为此被关押,一天后又被释放。接下来埃里希·昂纳克和他的妻子暂时寄居在基督教牧师Uwe Holmer在Lobetal的家。之后埃里希·昂纳克夫妇在苏军在Beelitz-Heilst tten的医院居住,直到1991年3月13日他们夫妇飞往莫斯科。在八一九事件后。俄罗斯总统叶利钦不再保护以悄枯前的盟友,因此埃里希·昂纳克流亡到智利大使馆,当时民主德国在萨